Drengene er sigtet for grov vold begået mod en 21-årig mand på Nørrebrogade tilbage i januar.
Det oplyser Københavns Politis anklagere på Twitter.
En af de 16-årige er også sigtet for overtrædelse af knivloven, da han under overfaldet truede med en kniv.
Efterforskningen tyder på at overfaldet har forbindelse til en sag om to drabsforsøg, der få timer efter fandt sted inde i et supermarked på Nørrebro. I den sag sidder seks personer varetægtsfængslet.